Je tomu rok od událostí na ostrově. Lara Croft sice unikla a stala se neohroženou přeživší, přesto se nemůže srovnat s nadpřirozenými jevy, kterých byla na Yamatai svědkem, navíc prodělává následky v podobě post traumatického syndromu. Ve snaze pochopit a najít odpovědi se Lara vrací po stopách svého otce a jeho poslední práce – výzkumu o nesmrtelnosti duše a ztraceném městě Kitěž. O tom, co prožila, samozřejmě ví jeden člověk – bývalá otcova partnerka a Laře velmi blízká osoba, Ana. Ta Laru varovala, aby se nedala strhnout tak jako její otec, kterého posedlost po odpovědích a následné selhání zlomily tak, že si vzal život.
Její varování však nepadne na úrodnou půdu a Lara se podle stop, které vysledovala, vydává k hranicím Sýrie, k Zapomenutým městům, kde, jak doufá, leží hrobka Proroka z Konstantinopole, klíčové postavy legendy o Kitěži. Nakonec opravdu hrobku nalézá, hrob je ale prázdný a Laře k tomu do zad vpadne horda žoldáků z organizace Trinity – kdysi řádu rytířů, který se vyvinul do utajované, polovojenské skupiny, prošetřující nadpřirozené jevy – v čele s vůdcem skupiny – Konstantinem. Lara skupinu obelstí jejich vlastními taktikami, hrobka se však začíná bortit – a tak nezbývá než utíkat. Laře se to tak tak podaří, a zatímco popadá dech, na podlaze vstupu do hrobky nalézá vyrytý symbol. Ten si nakonec spojí dohromady se symbolem, který viděla v knize o ruské náboženské historii v otcově pracovně v sídle Croftů. Tam se setká s Jonahem, který se Laru také snaží odradit od pátrání. Lara se však z knihy dozvídá, co potřebovala – v Kitěži by se měl ukrývat artefakt, nazývaný Božský zdroj, který má darovat nesmrtelnost. Následuje hádka mezi dvěma přáteli, kterou zakončí náhlý vnik agenta Trinity do sídla. Organizace se nezastaví před ničím, aby Kitěž našla dřív než kdokoliv jiný, a Laře je zmíněná kniha legend odcizena. Pod vlivem těchto událostí se i Jonah nechává přesvědčit a spolu s Larou vyráží na Sibiř, aby Kitěž našli první.
Při výstupu na jeden z horských vrcholů na Sibiři Jonaha s Larou odřízne lavina. Jakmile popadne dech, vysílačkou Lara Jonaha žádá, aby se vrátil a nesnažil se jí najít. V nelítostné sibiřské mrazivé pustině člověk potřebuje k životu oheň, a tak Lara vyráží hledat zdroje, přičemž narazí na starý opuštěný tábor, který se rozhodne použít. Padne noc a velmi brzy Lara zjišťuje, že na místě už je i Trinity. Nezbývá než opět bojovat o holý život, tentokrát ale nejen s vojáky, ale i přírodou samotnou, která svá tajemství nehodlá vydat zadarmo. Lara nakonec objeví nedaleko od místa, kde táboří, opuštěnou sovětskou instalaci, a v těchto reznoucích, rozpadajících se stavbách i novodobou operační základnu Trinity, ze které vyráží jednotky pátrat po Kitěži. Lara spatří svou šanci získat odcizenou knihu zpět, je ale odhalena a uvězněna, jak záhy ke své hrůze zjišťuje, i s Anou. Na scénu opět vstupuje Konstantin, který Laru chce donutit, aby mu řekla vše, co o Kitěži a Prorokovi ví. Jako rukojmí si bere Anu, kterou před očima Laře začne pomalu, ale nelítostně škrtit. Jakmile ale pochopí, že Lara nemá žádnou užitečnou informaci, karta se obrací a Ana odhaluje svou pravou tvář: i ona pracuje pro Trinity – a Konstantin je její vlastní bratr. Učiní Laře nabídku, aby také pracovala pro Trinity, ta ovšem o tom ani na vteřinu neuvažuje – a tak je odvedena do nedalekého gulagu, kde staré vězeňské cely zase slouží svému účelu.
V cele se setká s mužem jménem Jacob, který jí přesvědčí ke vzájemné pomoci – oběma se podaří uniknout i přesto, že mají pronásledovatele v patách. Lara je v posledních chvílích útěku omráčena a málem se utopí, Jacob jí ale zachrání život. Jakmile přijde Lara v Jacobově skrýši k sobě, dozvídá se, že v nedalekém údolí sídlí skupina lidí, patřící do skupiny Zbývajících – těch, kdo vzdorují nájezdům Trinity při pátrání po Kitěži. Lara souhlasí, že pro ně udělá, co půjde, aby Trinity odrazili.
V údolí se Lara dozvídá ještě víc: Jacob je vůdcem Zbývajících, a tato skupina jsou potomci následovníků Proroka z Konstantinopole. Na údolí opakovaně útočí jednotky Trinity, které tyto nájezdy ospravedlňují svým právem konat tak v Boží vůli. Lara se tak dozvídá, že Ana trpí nevyléčitelnou chorobou a má s Božským zdrojem z Kitěže vlastní úmysly – věří, že jen on jí dá šanci se uzdravit. Jacob však Laru varuje: Božský zdroj opravdu existuje, není ale tím, co od něj všichni – včetně Lary – očekávají. Přesto je Lara neústupná a vyráží najít ukrytý artefakt – Atlas – mapu, která jediná ukazuje cestu do Kitěže. Jacobova dcera, Sofie, žena, se kterou se Lara už jednou setkala u sovětské stavby před svým zajetím, Laře dá další střípek informací do mozaiky: Atlas střeží Nesmrtelní strážci a doposud zabili všechny, kdo se pokusili Atlas jim vzít.
Lara se dostane do dávných zaplavených archivů pod místní katedrálou, kde je Atlas po věky skryt, je opravdu napadena Nesmrtelnými a jen o vlásek uniká se svou kořistí. Cestou zpět do údolí se Lara setká s Jonahem, kterého našli a přivedli tam Zbývající. Jonah se Laře přizná, že se pokoušel špiclovat aktivity Trinity, Konstantin o něm ale věděl a sledoval ho v domnění, že ví, kde se Lara pohybuje. Lara nyní použije Atlas k nalezení cesty do Kitěže, jejich radost však zkalí Konstantin a Trinity, kteří na místní krutě zaútočí. Jonah je unesen, Jacob vážně zraněn a Trinity se navíc zmocní Atlasu. Lara se okamžitě rozhodne a vrací se do gulagu, aby našla Jonaha. Nakonec se jí to i podaří, ale při útěku je Jonah smrtelně zraněn Konstantinem. Spolu s několika osvobozenými zajatci gulagu z řad Zbývajících Lara umírajícího Jonaha dostane do údolí do péče Jacoba, který jej téměř zázračně rychle uzdraví, sám na sobě už nemaje také ani známky po svém zranění z útoku. Laře vše dochází: To Jacob je oním Prorokem z Konstantinopole, proto o Kitěži ví tolik: on sám je nesmrtelný díky silám Božského zdroje!
Trinity mezitím za pomoci mapy z Atlasu také zjistilo přesnou polohu Kitěže a Zdroje a tak Laře nezbývá, než vstoupit do dávného města křivolakou cestou, zatímco jí nad hlavou duní všechny pokusy Trinity prolomit ledovec, ukrývající město. Místní jednotky Nesmrtelných ale jsou hotovy bránit Zdroj za každou cenu, a tak se strhává boj kdo s koho. Do rukou se Laře dostanou deníky, které kdysi napsal jeden z vojáků Trinity, a Laře dochází podstata Jacobova varování o Božském zdroji: dá držiteli nesmrtelnost, ale za cenu, že ztratí sám sebe. Všichni Nesmrtelní kdysi bývali vojáky, běžnými lidmi, které Zdroj svou mocí vysál a proměnil k nepoznání v bezduché schránky hlídající jeho sílu bez ohledu na to, jak.
Trinity prolamuje ledovec a začíná závod s časem, kdo se první dostane do Komnaty Duší – místa, kde spočívá Božský zdroj. Údolí nad městem i město samo je zaplavováno vlnami a vlnami vojáků Trinity, se kterými bojovat pomáhají i Zbývající. Jen s jejich pomocí se Laře podaří sestřelit i hrozbu z největších – Konstantinův bojový vrtulník, který jí měl zastavit. Následuje další krutý boj a Lara se nakonec dostává až do Komnmaty Duší. Tam na ní opět čeká Konstantin, nepříčetný a nebezpečný, který Laru napadne nečekaně. Začíná smrtící hra na kočku a myš, ale nebyla by to Lara, aby svou lstivostí nepřebrala taktovku a nedala Konstantinovi co proto. Umrající Konstantin, který sám sebe považoval za Božího pověřence, který měl získat pro Trinity Božský zdroj a zajistit tak jejich cíle, v posledních chvílích Laře prozradí, že smrt jejího otce nebyla sebevražda. Byl zavražděn na příkaz organizace.
Lara se od něj odvrátí a vyráží ke Zdroji, je ale pozdě: jako nejcennější poklad a jedinou možnost už jej svírá v náručí Ana. Lara se jí snaží přesvědčit, že použít jej by byla osudová chyba, zatímco na práh Komnaty Duší dorazí Zbývající, v patách s Nesmrtelnými. Ana se pokusí Božský zdroj použít, je ale přemožena jeho silou a upouští jej. Lara neváhá, a s požehnáním od Jacoba artefakt jednou provždyzničí, když jej roztříští. Moc Zdroje pominula, Nesmrtelní zmizeli – a Jacobovy dny se konečně sečetly. Prorok umírá, ale je šťastný, že je vysvobozen ze svého nekonečného údělu a Laře sdělí, že co tady dokázala, jí činí jedinečnou.
Než s Jonahem Lara Sibiř definitivně opustí, konfrontuje Anu, s posledními slovy Konstantina v hlavě na ní uhodí, zda to byla ona, kdo jejího otce zabil. Ana, ještě více zesláblá svou nemocí, to odmítne, se slovy, že tento rozkaz sice dostala, ale do Richarda se opravdu zamilovala a nemohla to proto udělat. Než ale stihne říci více, je zastřelena ukrytým ostřelovačem…
Dva týdny po návratu ze Sibiře v sídle Croftů, které mezitím vybojovala z rukou jeho správce a matčina bratra, strýce, který se jí snažil o rodinné dědictví připravit, Lara s Jonahem dokončují přípravy na další cestu s cílem překazit další snahy Trinity a zastavit fanatické snahy této organizace o vlastní světový řád, pokud možno jednou provždy.
