Uplynuly dva měsíce od návratu ze Sibiře a Lara Croft s Jonahem Maiavou se rozhodli definitivně zastavit aktivity paravojenské organizace, kterou znají pod jménem Trinity. Stopováním jejich aktivit se vydávají za jednou z buněk této organizace do Conzumelu v Mexiku. V čele této skupiny je sám doktor Pedro Dominguez, hlava Nejvyšší rady organizace Trinity. Skupina zde na místě prozkoumává nově odkryté vykopávky hrobek. Lara krytá Jonahem na místo vykopávek tajně proklouzne a průzkumníkům před nosem v troskách pomalu skrytých džunglí objeví monolit, hovořící o nedaleko ukrytém chrámu v jeskynním komplexu. Přes vysílačku ale Lara zachytí zprávu velitele Rourkeho, že se blíží k cíli; zřejmě už také ví, kde chrám je. A tak Lara krkolomnou a riskantní cestou přes drolící se útesy pod vykopávkami vnikne do chytře maskované jeskyně, vedoucí do podzemního dómu s majestátní pyramidou. Cena pro vítěze se podle všeho ukrývá na vrcholu, kam se Lara záhy také dostane, aby objevila dávný mechanismus Mayů, jehož uvedením do správné pozice se objeví kýžený poklad – Dýka Chak Chel. Předtím ještě Lara prostudovala fresku na zdi, která varuje toho, kdo by chtěl dýku odnést, před mnohými katastrofami, před pradávno předpovězenou mayskou apokalypsou, Očištěním, které se tak spustí a vyvrcholí stálým a úplným zatměním Slunce, a zároveň hovoří o stříbrné skříňce Ix Chel a skrytém městě. Lara tak váhá, ale jakmile zjistí, že poblíž už je skupina vojáků hledajících poklad, dýku sebere.

Následuje cesta skrze jednotku vojáků, Lara sice najde cestu ven, je ale přistižena Dominguezem, který působí vcelku rozumně a vstřícně. Jakmile ale zjistí, že Lara v chrámu dýku sebrala, prozradí jí, že tak opravdu začal běžet čas do Očisty, kterou bude provázet mnoho průvodních katastrof, a jediný způsob, jak to vše zastavit, je vnořit dýku do oné stříbrné skříňky. Dýku Laře sebere a odlétá, jak říká, napravit, co Lara způsobila, těsně předtím, než se do Conzumelu přivalí první z katastrof, obří tsunami, která město smete jako domeček z karet. Vyčerpaná Lara tak tak unikne smrti, aby se setkala s Jonahem. Lara, zaslepená svým odhodláním zastavit Trinity, vědoma si nyní toho, že s oběma artefakty má jejich držitel moc pracovat s obrazem světa, který známe, a upravit si jej podle svého, se dostane do potyčky s Jonahem, který odmítá město a jeho trpící obyvatele bez pomoci opustit. Je zdrcená jeho neústupností, protože nakonec rozzuřený Jonah vyčte Laře, že je to jen ona, kdo vše kolem zavinila, tím, že dýku sebrala. Nakonec ale, i přes napínající se vztahy mezi oběma, pronásledují Domingueze do Amazonie.

Jejich letadlo se dostane do masivní bouře, druhé z katastrof, a zřítí se do peruánské džungle právě ve chvíli, kdy objeví „Horu se stříbrnou korunou“ – další stopu, kde se může nacházet cesta do ukrytého města. Tam snad, jak napovídají dávné texty, by mohla být ukryta potřebná Skříňka Ix Chel. Jen díky náhodě vyvázne Lara živá. Trosky letadla kolem sebe, nikdo a nic v dohledu, a Lara je tak odkázána opět sama na sebe. Letadlo se rozlomilo i s Jonahem v jeho zmizelé části, a s ním  je ztracena i veškerá Lařina výstroj.  Otřesená Lara se dostane na útes vedoucí z džungle, odkud opět uvidí majestátní horu s korunou z mraků – a čerstvě vystřelenou světlici. Takže někdo z posádky přece jen přežil a Lara se jej vydává najít. Podaří se jí dostat do založeného tábora se zbylými troskami letounu kolem. Získá tak výbavu zpět a setká se nakonec s Jonahem, který také věřil, že Lara musela zemřít při havárii. Oba tedy pokračují v cestě přes místní městečko, u kterého původně chtěli přistát, aby opět narazili na vojáky Trinity. I oni hledají vstup do ukrytého města.

Skrze džungli se Laře cesta nakonec podaří najít přes další dávné hrobky. Z nápisů v nich se dozvídá další informace o situaci kolem apokalypsy:

Pokud držitel dýky vnoří její čepel do skříňky Ix Chel, získá tak sílu a moc jednoho z bohů, Kukulkana, v jehož moci jedině je Očistu zastavit.  Cestu do města však objeví pouze ten, kdo překoná řadu zkoušek. Při cestě za hledáním Paititi, jak se nazývá ono město, je Lara svědkem toho, jak vojáky Trinity zdecimují jakási podivná, humanoidní monstra. Nové vědomosti Laru ještě více motivují hledat město. Pokračuje v pátrání džunglí do míst, kde věří, že je cesta ukryta, skrze dávné mechanismy, ony zkoušky, jen aby došla do opuštěné vesnice. Tam najde jen malého chlapce, který se nešťastně chytil do pasti. Lara jej osvobodí, přičemž jsou napadeni. Z těla útočníka Lara zjistí, že měl co do činění s Trinity, a ihned nato se přiženou další z jeho skupiny, aby padli, záhadně zastřeleni. Na scénu vstupují místní v čele se ženou, která rozhodne, že se útočníci jistě vrátí a na místech, kde jsou nyní, není čas na řeči. Laře jsou zakryty oči a je skupinou kamsi odvedena, kamsi do skrýše. Z rozhovoru Lara pochytí, že chlapec se jmenuje Etzli a je synem oné ženy a princem Paititi. Lara se tak přece jen do skrytého města dostala a před ní stála sama královna, Unuratu. Po rozhovoru s Larou královna uvěří, že Lara je na jejich straně, prozradí jí, že doktor Dominguez je vlastně její švagr, Amaru, kterého jako malého chlapce lidé z Trinity unesli a vychovali ve víře, že musí dokončit rituál a za pomocí dýky a skříňky dosáhnout obrazu světa takového, jaký měl být dle záměrů Trinity. Dominguez, neboli Amaru, se stal vůdcem místního okultistického klanu uctívačů boha Kukulkana, v jehož jméně koná, jak evidentně věří, pro dobro všech. Rozdělil obyvatele Paititi na tábor těch, kteří jeho vizi věří, a rebely – lid, který nepodlehl jeho vábení a stojí po boku Unuratu. Takže o snahách Lary by se skrze něčí prořeknutí mohl klan ihned dozvědět.

Královna také Laře prozradí, že přímý způsob, jak zastavit Očistu, je doslova obětovat boha Kukulkana, a že Amaru se tímto bohem již prohlásil. Jediná možnost je najít Skříňku dříve než on, jinak svět utvoří podle sebe a ti, kdo nesouhlasili, ať skrytě, nebo otevřeně, budou bez milosti zničeni a Paititi, tak, jak je Lara vidí, navždy zanikne.  Ukáže tedy Laře cestu, kterou se jedině může dostat do míst, kde se nachází skříňka Ix Chel, a Lara neváhá a vydává se tam. Skříňka ale na místě není. Lara se znovu setkává s podivnými monstry a zjišťuje, že jsou ochránci Skříňky, Yaaxil. Ve víře, že se jí již zmocnili okultisté, zorganizuje Unuratu s Larou pokus o její odcizení, Unuratu je ale zajata.

Při záchraně královny Lara pronikne až do srdce chrámu kultu, kde vyslechne Amarua, jak Unuratu sděluje, že Skříňku ukryl Andres Lopez, misionář, kterého na místo vyslal Trinity již v době dobývání jihu Ameriky Španěly. Lara se k Unuratu dostane, královna je ale při útěku postřelena velitelem Rourke, pravou rukou doktora Domingueze. Předtím, než zemře, královna klade Laře na srdce, že rituál musí být dokončen, aby se ale nenechala zlákat mocí Skříňky. Rourke zaútočí na Laru a Jonaha. Útok přijde ve chvíli, kdy oba opouští Paititi, aby pátrali po další stopě. Přátelé jsou od sebe odtrženi a Lara, která věří, že Jonah při útoku zemřel, dorazí k místní těžné plošině, a zaslepena bolestí a vzekem zmasakruje každého, kdo jí stál v cestě, kromě jejího hlavního cíle – Rourkeho, který jí unikne. V zádech za sebou jatka se Lara psychicky zhroutí, i když se před ní ze tmy vynořil Jonah, živý a zdravý. Tato slabost ale Laru naštěstí nezlomí nadlouho – v tu chvíli totiž přijdou na to, kam dál, a vydávají se na místo, kde působil a žil Lopez a které je v dosahu Paititi – na misii San Juan.

Pod vlivem Skříňky šílený Lopez založil místní řád, aby své věřící vycvičil pro dokončení Rituálu. Laře a Jonahovi se v místním kostele podaří objevit tajné katakomby, vedoucí k místu odpočinku Lopeze – a Skříňky. Jsou ale přistiženi Dominguezem, který Laru přinutí, aby mu jí předala. Přizná Laře, že to byl on, kdo nařídil vraždu jejího otce, aby mu zabránil v nalezení Paititi a jeho odhalení světu. Lara se snaží Domingueze přesvědčit, aby moc rituálu použil ku prospěchu všech. Dominguez, kterému jde jen o Paititi, jaké ho chce mít, odmítá. Vědom si toho, odkud pocházel, že je hlavně Amaru z Paititi, využil svého postavení v rámci Trinity a tak jej vlastně organizací nechal ochraňovat. Po tomto odhalení opouští scénu, aby unikl další katastrofě – masivnímu sesuvu půdy, který ničí celou misii.

Zpět v Paititi pomohou Lara s Jonahem čerstvě korunovanému Etzlimu vést útok do podzemního chrámového komplexu pod centrem Paititi. Jejich plánem je přerušit Amaruův rituál a předejít čtvrté a poslední katastrofě – obří vulkanické erupci, která by zničila celé město. Jednotky Trinity však Etzliho útok odříznou a Lara tak musí pokračovat sama. Setká se s Yaaxily a s jejich hlavou nazývanou Karmínový oheň a dokáže je přesvědčit, aby se postavili na její stranu a pomohli jí zastavit Amarua. V tomto bodě Lara přijímá symbolickou roli bohyně Ix Chel, zatímco Karmínový oheň se symbolicky stává bohyní Chak Chel. Zatímco Yaaxil se postarali o Rourkeho a Nejvyšší radu Trinity, Lara dospěla až na vrchol chrámu. Nestihne bohužel zabránit Amaruovi v použití Skříňky, do niž již vrazil dýku,  a tomu tedy nyní přešla síla boha Kukulkana, jelikož obřad byl dokončen právě při kulminujícím zatmění, jak měl být. Nastává únavný souboj proti Amaruovi. Nakonec jej Lara zdolá a se smrtí smířený Amaru jí klade na srdce, aby ochránila Paititi, což mu Lara slibuje. Po jeho smrti tak moc boha Kukulkana vstupuje do Lary. Zde přichází ono pokušení, o kterém Laře říkala Unuratu: Skříňka by jí dala možnost přivést zpět své rodiče a žít s nimi. Lara však namísto toho dovolí bohyni Chak Chel, aby jí coby bohyni Ix Chel probodla, tím obětovala i boha Kukulkana, jehož duši porážkou Amarua přijala – a ukončila tak apokalypsu.

Po několika dnech byla královna uložena k věčnému odpočinku. Lara zůstává v Paititi, aby Etzlimu pomohla obnovit jej do jeho bývalého lesku, zatímco Jonah se se svými přáteli loučí, aby si dal od dobrodružství na čas prázdniny.

Po návratu z Paititi Lara v pracovně sídla Croftů plánuje svou další cestu a přijímá další z obratů ve svém životě: nyní už chápe, že jejím úkolem na tomto světě není objasnit všechno mystické a nadpřirozené v tomto světě, Její úkol je to vše ochránit.