Nad sídlem Croftů se prohání bouřková mračna, blesky křižují oblohu a proudy vody smáčí siluetu ženské postavy vytesanou z kamene. Nedaleko sídla se sešlo pár věrných přátel Lary Croft, aby jí společně vzdali hold.
Přesně takhle nevesele začal pátý Tomb Raider. Lara zůstala pod troskami chrámu v Egyptě. Její přátelé tiše doufají, profesor von Croy vede v troskách pátrání. Zatím se však všichni její blízcí sešli v jejím domě a u krbu a šálku čaje společně vzpomínají na některé výlety, které Lara podnikla. Jako například ten v ulicích Říma za bájným Kamenem mudrců…
Laru potkáváme při představení v římské opeře. Tam ovšem nevyrazila jen za kulturou. Dohodla si zde obchod se dvěma svými známými, francouzskými archeology Larsonem a Pierrem, kteří jí zde měli předat Kámen Merkura, který slouží jako klíč ke vstupu do katakomb pod Římem, kde je ukryt skutečný objekt Lařina zájmu. Pokusí se ovšem Laru podvést – vezmou si jen peníze, zatímco ustupují a míří na Laru zbraní. To si ovšem Lara nenechá jen tak líbit, stačí pár okamžiků a Kámen Merkura má v držení. Tím ovšem rozzuří oba muže, kteří neváhají střílet. Lara se proto dá na útěk a je pronásledována až do úzké uličky předělené mříží. Díky své mrštnosti se pod ní dostane, zatímco auto Pierra a Larsona ne. A tak se Lara otočí a odchází…
Vydává se do úzkých a křivolakých uliček hlavního města Itálie, kde se opět střetává se stopami Larsona a Pierra. Několikrát se jí pokusí postavit do cesty, ale marně. Laru její kroky dovedou až před bránu známého Kolosea, které je úkrytem pro artefakt, po kterém lidstvo touží po staletí. Aby se ale do něj dostala, je třeba bránu otevřít, bohužel nestačí jen Merkurův Kámen. Někde v Římě jsou ukryty ještě tři symboly. Lara tedy pokračuje do míst, kde se konávaly Trajánské trhy. Aby získala, co potřebuje, musí dokonce čelit jakési mýtické bytosti se smrtícíma očima.
Tu porazit není vůbec žádný problém, další symbol je v Lařině batohu a čeká jí „procházka“ římskou kanalizací, aby se nakonec dostala přímo před Koloseum. Tam už jí očekává Larson, který vyvolá potyčku. Je poražen, zároveň se ale k životu probouzí tři strážci vstupu do Kolosea – hadi chrlící oheň, a tak Laře nezbývá než znovu tasit.
Vstup do útrob Kolosea je volný a Lara se vydává dál, aby se Kamene zmocnila. Starověké chodby jsou ale plné nástrah, takže Lara musí vynaložit veškeré své schopnosti. Téměř také skončí v propasti, ale pomocnou ruku jí nepřímo podává Pierre. Nakonec se přímo v aréně Kolosea podrobí souboji s Trajánem a již nerušeně pokračuje přímo ke kameni, pro který si přišla.
Opět se vracíme ze vzpomínek do sídla Croftů a na řadě se vzpomínkami je nám už dobře známý Jean – Yves. Lara se v jeho společnosti vydala i na cestu do Ruska. Na mušce má tentokrát Kopí osudu, které se ztratilo při výbuchu nacistické ponorky, artefakt, s jehož pomocí se kterákoliv armáda stane neporazitelnou. Lara proniká do tajné ruské základny, odkud má být vypravena jaderná ponorka pod vedením admirála Jerofjeva, jehož si pronajal zbohatlík (a zloduch) Michajlov. Lara se stává černým pasažérem na palubě, je odhalena a uvězněna. Díky své obratnosti a vynalézavosti se skrze uzoučké prostory šachet vysvobodí, získá zpět svou výbavu a dostane se ke speciálnímu pátracímu obleku, se kterým prohledá mořské dno.
Vrak ponorky i Kopí osudu sice nalézá, při cestě zpět je ale její skafandr poškozen a Lara se vrací do ponorky za pět minut dvanáct. Sotva se vysouká ven, je zaskočena Michajlovem a jeho doprovodem. Po drobné diskusi se Michajlov stává vlastníkem Kopí, ale doplácí na svou chamtivost a síla artefaktu jej zničí. Ničí však i trup ponorky, která se okamžitě začíná plnit vodou a stává se jednou velkou smrtící pastí. Laru však žene vpřed snaha zachránit se, což se jí nakonec i daří, přispěje jí na pomoc dokonce i admirál, který Laře svěří svoje důvody pro to, co konal, a požádá jí, aby jeho příběh pověděla světu. Díky sledovacímu zařízení, jež na začátku výpravy dostala od Jeana, je Lara nalezena a zachráněna; Kopí osudu však zůstává v hlubinách, ukryto před lidmi, aby nemohlo být zneužito už nikdy a nikým.
Počasí se stále zhoršuje, což evokuje dalšímu z přítomných, rodinnému příteli, knězi Dunstanovi, vzpomínky na jeho zážitek s Larou, tehdy ještě mladou dívkou, po jejím návratu z Kambodže. Lara se načas přestěhovala k Winstonovi kvůli záplavám, jež sužují její domov, a její všímavosti neušly podivné jevy na jednom z nedalekých ostrůvků. Je to ona, kdo kontaktuje otce Dunstana, který se na ostrov vydává, aby všem podivnostem přišel na kloub a učinil jim přítrž. Lara o tom nemá mít ani zdání, ale ještě dříve, než se kněz vydá na cestu, už sedí v jeho lodi.
Dostává se tedy spolu s ním do centra nadpřirozených událostí. Stane se svědkem toho, jak otec Dunstan likviduje démona, zachrání duši zatracence a projde Labyrintem, komplexem na ostrově, přičemž najde knihu – bestiář. Setkává se s otcem Dunstanem podruhé a dozvídá se o jeho zajetí bytostmi z podsvětí. Posléze se stává svědkem knězova únosu, když se ho zmocní démon ovládající celý ostrov. Ten Laru chce rovněž zničit, ale je zastaven symbolem z knihy.
Lara si vyslechne jeho příběh a vydává se na cestu do starého mlýna na ostrově. Její úkol spočívá v zastavení náhonu, protože démona na ostrově drží tekoucí voda. Jakmile se jí podaří vodu zklidnit, démon je osvobozen z prokletí. Má opět v plánu na Laru zaútočit, ale Lara jej s pomocí Bestiáře nazve jeho jménem, což ho znehybní, a posléze jej i pošle zpět do podsvětí. Ostrov je odchodem démona zbaven temných sil a Lara i kněz se vydávají zpět k domovu; vzpomínky otce Dunstana končí, spolu se třetí ze čtyř kapitol Tomb Raider: Chronicles.
Čtvrtou vzpomínku i příběh začne Lara v době, která předchází ději Tomb Raidera IV, ale zasahuje do období po událostech z Kambodže (Iris je v pokoji s trofejemi v Lařině domě už i ve třetím díle). Lara se dostává do budovy společnosti Von Croy Industries v USA, v níž sídlí firma jejího učitele, a ve které je zároveň ukryt artefakt, který stál von Croye téměř život. Iris je dobře střežen uprostřed budovy plné hlídačů. Zdánlivě bezvýchodné. Lara jej však má za cíl, a to znamená, že veškerá snaha o zabezpečení Iris vyjde vniveč. Do budovy se Lara dostává přes šachtu ve střeše. Skončí v patře číslo třináct a začíná „honba za pokladem“. V rádiovém spojení s technikem Zipem Lara nachází laboratoř s artefaktem, který si přivlastňuje a vydává se zpět k východu.
Von Croy se mezitím dozvídá o „vetřelci“ v budově, podle záznamu z kamer poznává Laru a dovtípí se, co je ve hře. Okamžitě zpřísňuje veškerá opatření, uvádí všechny jednotky do absolutní pohotovosti a dokonce využívá i androidy k likvidaci Lary. Ta se ovšem (i když nedobrovolně) vydává na cestu přes šachty výtahů, tak se jí podaří proniknout téměř až na střechu a útěk i s Iris v batohu se jí daří.
Přátelé pohroužení do vzpomínek pozvedají sklenky k přípitku na Laru, zatímco v Egyptě se von Croy ve společnosti malého chlapce spěšně dostává k troskám a ve vykopávkách nalézá Lařin batůžek. Páté dobrodružství Lary Croft končí jeho slovy: „Našli jsme ji!“
