Písek a stříbrná nit Nilu. Země pyramid, žhavého slunce a božstev. To je oblast, ve které se odehrává Tomb Raider s pořadovým číslem čtyři.
Předtím, než se ale Lara vydá na tuto cestu, čas se vrátí do roku 1984, kdy se ještě jako náctiletá ve společnosti světoznámého archeologa Wernera von Croye účastní své úplně první expedice v chrámovém komplexu Angkor Vat v Kambodži. Její průvodce je skutečnou kapacitou v oboru, a tak se není čemu divit, že se brzy dostávají do centrálního chrámu, kde se na podstavci skví artefakt Iris, „cena pro vítěze“. Tam ale von Croy podlehne chamtivosti a nedbaje varování Lary, spustí mechanismus, který se mu stane zároveň cestou k Iris a hrobem. Zůstane uvězněn a Lara na poslední chvíli unikne z bortící se svatyně…
Z Kambodži se plynule přesouváme za Larou do Egypta; nacházíme jí ve společnosti průvodce před vchodem do staletí ztracené hrobky boha Seta (v originálním pojmenování Sutech). Lara se dostane do hrobky „naprosto očekávaně“.
Jakmile se Lara dostane přes vstupní místnosti do podzemní síně se sfingou a přes ní přímo do pohřební komory, začíná opravdové dobrodružství. I když Laru opustí její průvodce, Lara pokračuje. Jako správná archeoložka si z hrobky na denní světlo odnese Amulet boha Horuse, a aniž by to sama tušila, spouští tím řetězovou reakci.Z hieroglyfů po obvodu amuletu se dozvídá, že tento předmět sloužil k uvěznění boha Seta před dávnými časy. A stejně tak se dozví další klíčové jméno: velekněz Semerkhet.
Lara je ale z luštění vyrušena; jak se ukázalo, její průvodce nezmizel, jen se z něj vyklubal podrazák. Přes Údolí Králů a hrobku s označením KV5 Lara ve své cestě pokračuje s jediným cílem: setkat se se svým přítelem, Jeanem-Yvesem. Mezitím jí čeká další překvapení: Její průvodce pracuje pro někoho, koho by opravdu nečekala: von Croy přežil a zjistil i, že má Lara v držení amulet.
Jean-Yves sice Laru srdečně přivítá, jakmile ale zjistí, jaký úlovek si tentokrát Lara vybrala, okamžitě nahlíží do starých spisů a objasňuje Laře celý příběh Amuletu: Set byl jeho pomocí uvězněn jeho bratrem, bohem Slunce Horem. Jakmile byl ze Setova sarkofágu odebrán, tento dostal příležitost znovu povstat a není pochyb o tom, že se stejně jako v dávné historii pokusí zmocnit vlády nad světem. Síla k vyzvání boha slunce, Hora, který jediný má moc opět svázat ďábelského Seta, může být odhalena jedině nositeli amuletu uvnitř Semerkhetova chrámu v Karnaku. Obřad je dokončen, když Horovo brnění přivolá boha slunce. Lara tedy zjišťuje, že potřebuje nejen Amulet, ale i brnění, které patřilo bohu Horovi.
Lara okamžitě vyráží na další cestu: v chrámovém komplexu Karnak se přes posvátné jezero dostává přímo k chrámu; aby jej otevřela, používá Amulet boha Hora; je ovšem již očekávána von Croyem. Ten po ostřejší slovní výměně Laru v chrámu uvězní a amulet si odnáší.
Lara musí v chrámu překonat mnoho nástrah. Nakonec si ale najde cestu k východu, který je hlídán, a kým jiným než bývalým průvodcem. Lara se od něj dozví, že von Croy se vydává do Alexandrie. Shodou okolností se do téhož místa nedaleko od hrobky vypravuje nákladní vlak. Lara si vychutná pomstu na zrádci a po trošku riskantnější cestě pouští se dostává rovněž do Alexandrie, kde se opět setkává s Jeanem-Yvesem.
Ten již dříve zahájil s najatými dělníky pátrání po katakombách na pobřeží Alexandrie, které by měly vést přes ztracenou Velkou knihovnu až do Kleopatřina komplexu paláců. Právě tam měla Kleopatra, která si dobře uvědomovala moc oněch artefaktů, jednotlivé kusy brnění ukrýt; a i když není jisté, zda bude brnění kompletně v tomto komplexu, Lara se okamžitě ujímá dalšího úkolu. Nezastaví jí ani von Croyovi muži, kteří vykopávky kříží.
Wernera nepohání nic horšího než jeho chamtivost; z hlediska historického je každý kus nedocenitelný, data staršího než sama Bible. Proto bezohledně pátrá, navíc nevěří bájím.
Lara se přes katakomby, Poseidonův chrám a Velkou knihovnu dostává k novým informacím. Pro opravdovou úplnost obřadu je k brnění a Amuletu třeba ještě vlastnit ceremoniální destičku. Znovu se setkává s von Croyem a uniká mu, přes chrám bohyně Isis na ostrově Faros se dostává přímo do paláců Kleopatry a získává všechny části brnění; nepopíratelnou závažnost celé situace Laře potvrzují i přízraky ze Setovy armády, které na své cestě potkává. Následně se Lara vrací do Alexandrie za Jeanem, aby mu oznámila novinky v postupu. Nachází však jen dopis od von Croye, že Jean-Yves jím byl unesen do citadely v Káhiře a aby zůstal naživu, Lara má zaplatit výkupné v podobě brnění. Ještě ani nedočetla a už vyráží za von Croyem.
Nastává nelehká cesta Egyptem. Dokonce se objevuje i Hydra, vyvolaný přízrak z dob dávno minulých. I tu Lara s pomocí statečného egyptského vojáka posílá do podsvětí, odkud vzešla….
V Káhiře se dostává k zajatému příteli, který jí podává nové informace: von Croy není tím, čím se zdá být. Je posedlý Setem a koná z jeho vůle. Ve chvíli, kdy se Lara tohle dozvídá, se už pravděpodobně dostal do hrobky Křižáků a získal onu potřebnou ceremoniální tabulku.
Také se to ukáže pravdou. Lara se ovšem chápe nabízené příležitosti, neboť hrobku rytířů otevírá Amulet boha Horuse. Lara tedy použije von Croyův trik a svého posedlého učitele jeho odejmutím vyřazuje načas ze hry.
Zbývá poslední krok. Najít chrám Boha Hóra a jeho prostřednictvím pokořit Seta. Lara se díky nápisu z kamene mezi tlapami sfingy dozvídá, že chrám je ukryt kdesi pod Velkou pyramidou. Přes mnoho dalších nástrah Lara dosáhne svého cíle: nalézá jeskynní chrám boha Hora; dokonce stihne téměř dokončit obřad, ale nakonec zjišťuje, že přichází přece jen pozdě; Set se ujal vlády a její snaha vyšla vniveč.
A ač před Larou stojí největší protivník ze všech, nemá na vybranou. Jen díky svojí šikovnosti uniká jisté smrti; Amuletem zapečetí Seta v chrámu a sama pospíchá na denní světlo. Chrám se začíná otřásat; Setova zloba povede nutně k jeho zničení.
Laru před chrámem čeká von Croy, zase on sám, ten, kdo byl Laře věrným druhem a učitelem, oproštěný od Setovy zloby. Podává Laře pomocnou ruku; Laru samu ale konečně dohání únava po nejdelší a nejtěžší výpravě, kterou zatím prožila. Nestíhá se nabízené ruky chopit, zůstává v chrámu a ten se zřítí. Lara zůstává ve spadlých ruinách a von Croy před nimi v žalu smeká klobouk….
