Světlo blesku ozářilo obličej Wernera von Croye, který živě debatoval s Larou Croft. Byl totiž najat záhadným klientem jménem Eckhardt, aby pro něj našel pět Obscurových kreseb. Lařin bývalý mentor je ale vyděšený: ulice Paříže, kde žije a kam za ním přijela Lara, jsou terorizovány záhadným Monstrem, lidé umírají a policie je bezradná. Proto se také rozhodl svou přítelkyni kontaktovat. Lara se na něj sice stále hněvá kvůli událostem v Egyptě, nakonec ale svolí a do von Croyova bytu přijede. Následuje výměna názorů; von Croy ještě předtím Laře dává lístek s adresou ženy – madame Carvierové, ke které má Lara přijít, když bude potřebovat pomoc. Náhle od sebe Laru odstrčí a ta naráží do zdi. Ztrácí vědomí, pouze chvilkami se probírá a tak zaregistruje střelbu… Když přijde k sobě, von Croy je mrtev; na místo přijíždí policie a Lara se dává na útěk.
Šestý Tomb Raider začíná Lara za deště v Paříži poté, co utekla před policií. Je jí jasné, že se stala štvancem a hlavním podezřelým, a okamžitě se rozhodne vypátrat von Croyova vraha, očistit své jméno a také získat pět kreseb, které měl najít Werner. Aby mohla začít se svým úkolem, musí si promluvit s madame Carvierovou, jak jí radil von Croy. Vydává se zadními, zastrčenými uličkami Paříže, ale je objevena policisty a ukrývá se ve starém bytovém domě. Přes něj se dostává na střechy průmyslových budov jedné z pařížských čtvrtí, kde se jí podaří policii setřást, a pokračuje na adresu z Wernerova lístku. Margot Carvierová (kurátorka v Louvre) je dlouholetou von Croyovou přítelkyní, je tedy jasné,že jí zpráva o Wernerově smrti zdrtila. Lara si bohužel pamatuje jen střelbu, takže madame Carvierová se stane značně podezřívavou. Werner u ní uschoval svůj zápisník, který měla Lara dostat v případě, že se s ním něco stane. Ten nakonec Lara získá, madame Carvierová však zavolá policii, takže opět útěk….
Lara se druhý den ráno probouzí v odstavením vagónu metra. Promluví si s několika osobami, které potkává na ulicí, mezi nimi je i prostitutka Janice a majitel zastavárny Rennes.. Z rozhovoru s Janice Lara zjistí jméno další klíčové postavy – Louise Boucharda, na jehož jméno lze narazit i v deníku von Croye. Jde o vůdce pařížské mafie, který by snad mohl něco o vraždě vědět. Kde se ukrývá, to však ví jen dva lidé – jeho bývalí zaměstnanci. Jakmile se s nimi Lara dohodne a vykoná pro ně malý úkol, nasměrují jí ke kostelu sv. Aicarda, na jehož hřbitově se v jednom z hrobů skrývá vstup do Bouchardova úkrytu. Lara tedy dosáhne svého. Potřebuje novou výbavu, protože doteď se protloukala Paříží téměř s holýma rukama. Bouchard Laře svěří pár falešných pasů na doručení Rennesovi výměnou za vše, co potřebuje. V zastavárně Lara potkává cizího muže, vzápětí pak objeví Rennese mrtvého. Bere si tedy výbavu ze skladu vzadu v obchodě, zároveň s tím se ale aktivuje nastražená bomba a Lara uniká jen o několik desítek sekund.
Podle zápisů v deníku svého učitele Lara dále míří do Louvru, u nějž v současnosti probíhají vykopávky na místě nálezu jakési hrobky. Cesta na toto naleziště je možná jedině přímo přes Louvre, a protože Lara je považována za vraha na útěku, nezbývá jí jiná volba než použít cestu nestandardní. Proto se Lara do budovy muzea dostává skrze stoky přímo pod výstavními prostory. Následuje nelehký úkol: nepozorovaně se přes výstavní prostory dostat až do kanceláře, která patřila Margot Carvierové. Když se to posléze Laře podaří, dostává se k ní nejen vodítko k dalšímu postupu, ale i několik klíčových informací.
Dozvídá se, že Pieter van Eckhardt je alchymistou ze 14. století, který byl za života kontaktován potomky rasy Nephilim, která vznikla vztahy mezi padlými anděly a lidmi. Eckhardt měl vytvořit mocný artefakt – Sanglyph, za což mu byla dána nesmrtelnost. Aby Sanglyph nemohl být zničen, Eckhardt jej rozdělil na pět částí a tyto ukryl za pět jím vytvořených kreseb. Kolem Eckhardta se postupem času vytvořil okruh jeho přívrženců zvaný Kabala, který chtěl Nephilim vzkřísit, znovu pozvednout a s jeho pomocí ovládnout svět.
Další informací pro Laru byla skutečnost, že existuje jakási opozice Kabaly, řád nazvaný Lux Veritatis, kterému se podařilo překazit Eckhardtovi jeho záměry, pomocí tří úlomků jiného artefaktu, Amuletu světla, jej zapečetit v jámě, zabavit pět jeho kreseb a za vedení bratra Obscury vytvořit pět jejich kopií, ve kterých jsou ukryta vodítka pro nalezení Sanglyphu a originálů kreseb. Tyto kopie jsou nazývány Obscurovy rytiny.
Po pěti stech letech se ale pečeť porušila, Eckhardt se dostal ven ze svého vězení, zmocnil se tří obrazů, všech úlomků Amuletu a ukryl je ve své staré skrýši v Praze pod Strahovem. Založil také novou Kabalu s jediným cílem – najít a zničit všechny členy Lux Veritatis, aby mohl oživit jediný zbylý vzorek rasy Nephilim nazývaný „Spáč“. Poté najal Wernera von Croye, aby našel zbývající dva obrazy. Z informací ukrytých v Rytinách se von Croyovi podařilo najít skrýš čtvrtého z nich právě pod Louvrem. To si ale nechal pro sebe a právě tehdy Laru požádal o pomoc při pátrání a byl zabit.
Lara se rozhodne odjet do Prahy, ale ještě předtím se setkává v Louvru s jednotkou vycvičených zabijáků Kabaly, kteří si přišli pro Kresbu. Lara je rychlejší a kresbu získá před nimi a zároveň se na scéně objevuje Kurtis Trent, jeden z posledních členů Lux Veritatis, který chce nejen zabránit tomu, aby se Kresby dostaly do rukou Eckhardta, ale má Laru za dalšího zloducha. Proto jí před Louvrem překvapí, ale oba jsou napadeni.
Laru probere ze mdlob Bouchard, který jí odveze do von Croyova bytu, kam se Lara chtěla vrátit pro případná další vodítka. Vyklube se z něj ale zrádce, který měl v úmyslu Laru odstranit z cesty. Lara ale unikne a míří do Prahy
Tam se setkává s postavou novináře Luddicka, který jí prozradí, že hlavou pražské mafie byl obchodník s uměním Mathias Vasiley. V jeho domě Lara potkává Boucharda od kterého se dozví další informace o podsvětí. Zanechá ho v jedné z místností a dále prohledává sídlo, nakonec odhalí tajnou místnost, ve které získá poslední Rytinu. Při cestě zpět nalezne již mrtvého Boucharda. Na místě, kde je, již vše potřebné splnila a vydává se tedy na Strahov.
Na Strahově jí čeká nelehký úkol: zdánlivě jde jen o skladiště a expediční firmu, kterou vede Eckhardt, za touto zástěrkou se však skrývá mnohem více – na Strahově je umístěna i biolaboratoř, podvodní výzkumná stanice a sanatorium. Všechny tyto oblasti musí Lara projít, ale naštěstí se opět objevuje Kurtis, který se s Larou dohodne na spolupráci, vydává se na průzkum sanatoria a je zajat. Lara po průzkumu podvodní oblasti nalézá místo, na které odkazuje poslední Rytina získaná v Praze: jde o úkryt poslední, páté Kresby, vytvořený Lux Veritatis a nazývaný Síní trofejí. Získaný obraz však Lara vymění s Eckhardtem za život Kurtise. Na oba je vypuštěn ohyzdný mutant. Kurtis Laře pomáhá k útěku, dává jí i oba úlomky Amuletu, které získal, a sám se obětuje.
Lara se dostává do starého Eckhardtova sídla, přes něj i do jeho laboratoře, a to právě včas, aby překazila Eckhardtovi jeho proces oživení posledního Nephilim. V následném souboji Lara vráží třikrát úlomky Eckhardtovi do hrudi, čímž ho vážně zraní. Po tomto souboji se objeví poslední klíčová postava – poslední skutečně žijící Nephilim, muž jménem Karel – pravá ruka Eckhardta. Zjistil, že všichni, kdo pomáhali Laře, byli zabiti, aby byli zachráněni od zavraždění Spáčem. Pomocí třetího úlomku Amuletu Eckhardta zabíjí a nabízí Laře možnost připojit se k němu ve vládnutí světu a vzkříšení Nephilim. Lara jeho nabídku odmítá, což Karla rozzuří a začne na ní útočit i on. Lara ale využije Sanglyph získaný z Kreseb a zničí s jeho pomocí jak Karla, tak i Spáče, poslední vzorek Nephilimské rasy.
