Temnotou vesmíru se před miliony let řítil meteorit, který dopadl na naši planetu v oblasti, kterou dnes známe jako mrazivou Antarktidu (nezapomínejme na posun kontinentů – tehdejší Antarktida byla kdysi tropickou džunglí.)
K meteorickému kráteru našli cestu i první lidé, Polynésané. Protože meteor měl podivné vlastnosti, vyřezali z něj čtyři artefakty, které začali uctívat. Příběh se přesouvá do doby Charlese Darwina, který se svou průzkumnou výpravou na Antarktidě objeví sídliště oněch dávných Polynésanů i všechny artefakty, které byly vytvořeny z meteoru. Expedice je napadena hrozivě vyhlížejícím predátorem. Jeden z námořníků zahyne, a tak je na Antarktidě pochován on i jeho deník. Darwin se svou expedicí ukořistěné artefakty odváží a ty jsou rozděleny mezi zbylé čtyři muže. Spolu s nimi pak zůstávají na místech jejich posledního odpočinku po celém světě: v Indii, Nevadě, na ostrovech jižního Pacifiku a v Londýně.
Vracíme se na dnešní Antarktidu, kde společnost RX-Tech pod vedením dr. Willarda zkoumá vzorky zvláštní horniny, kterou zde nalezli. Náhodně zde také objeví tělo a deník zemřelého člena Darwinovy expedice…
V této době se Lara Croft vydává ze své rodné Anglie na pouť za zapomenutým chrámem bohyně Kálí hluboko do útrob indické džungle. Po dobrodružné cestě lemované spoustou nástrah a nepřátelsky naladěných zvířat se Lara dostane na místo, kde se potkává s vědcem, který se však zdá poněkud zvláštní; ten po rozhovoru s Larou zřejmě naplno propadá šílenství a mizí ze scény. Ovšem od něj se Lara dozvídá o artefaktu Infada, vyřezaného z meteoru, a pomalu jí dochází, že ten byl vědcem zřejmě odnesen. Jak se také ukáže, Lara se nemýlila.
Když se ale znovu s vědcem (jménem Tony) setkává u řeky Gangy, ten na ní zaútočí a chce jí zavalit kamením. Lara se za ním vydá kaňonem řeky a dostihne ho v jeskynním komplexu, který také kdysi patřil k chrámu. Lara jej porazí a Infada je její. Po cestě zpět na řece Ganze narazí na loď dr. Willarda. Ten jí vezme na palubu, a když zjistí, že Lara má v držení Infadu, poskytne jí informace o meteoru i ostatních artefaktech a dá Laře pročíst nalezený deník. Lara se s Willardem nakonec dohodne na spolupráci a vyráží za ostatními kusy.
Její pouť ale zdaleka není jednoduchá. Cesta Laru zavede do Nevadské pouště na tajnou základnu, ale štěstí jí na chvíli opouští a je zajata a uvězněna. Ve spolupráci s vězni však zdárně unikne a nepozorována vnikne přímo do srdce tajemné Oblasti 51, kde také získá druhý ze čtyř artefaktů, nazvaný vládou USA Ora Dagger.
Podle získaných informací se Lara dále vydá na místo kdesi na neznámých ostrůvcích jižního Pacifiku. Hned u pobřeží se setkává s velmi nepřátelským divošským domorodým obyvatelstvem; setká se však i se svým krajanem, vojákem, který spolu s několika dalšími přežil tragédii, když jejich letadlo spadlo právě na tomto ostrově. Nasměruje Laru do rokle Madubu, kde se po proudu dravé řeky dostává do chrámu Puny. Právě tam se seznamuje s historií onoho kmene, který je ovládán a tyranizován neznámou bytostí, Punou. Laru tedy opět čeká souboj, na konci kterého Punu – mutanta, který má za pomocníky armádu leguánů – pokoří, zlomí jeho moc, získá její zdroj – kámen Element 115 a vrací se domů do Anglie, kde zůstává poslední artefakt – kdysi vlastněný samotným Darwinem.
Jak se ukáže, nástrahy čekají všude; Londýn má v rukou jakási tajemná Sophia Leigh. Jak se Lara dozvídá od nájemného žoldáka, tato žena záhadně nestárne, i když stejně jako on sám pro ni pracoval žoldákův otec a otec jeho otce. Laře je hned jasné, odkud vítr vane. Od vůdců tzv. Zatracenců, lidí bez tváře, se naše archeoložka dále dozvídá, že Sophiina druhá tvář je neproniknutelná: navenek vystupuje jako majitelka firmy věnující se kosmetice.
S pomocí těchto Zatracenců se Lara dostane do starých stok a sklepení budov, kde Sophiina společnost sídlí, pronikne přímo k Sophii a pokusí se zmocnit její hole. Nastává štvanice, při které musí Lara čelit Sophiiným útokům. Nakonec jí malou lstí přemůže a získává i poslední, čtvrtý artefakt, The Eye of Isis.
Poslední část poutě Laru vede na pustou Antarktidu, kde hned při příletu jen o vlásek unikne katastrofě: její vrtulník se totiž potopil, když kvůli silnému větru nouzově přistál na tenké vrstvě ledu. Lara tedy dorazila k místům, kde se měla zdržovat expedice dr. Willarda. Místo ní však nachází pouze mrtvá a zmutovaná těla a samotného Willarda, který podlehl vidině artefaktů a využití jejich moci. Při potyčce Laru zaskočí a její trofeje jí sebere. Laře tedy nezbývá, než opět zachránit svět před šílencem, který do rukou dostal zdroj síly. Stejně jako kdysi Darwinova expedice, i Lara prochází místa, kde kdysi sídlila lidská civilizace, Ztracené město Tinnos, a míří do meteorického kráteru.
Tam nadchází velké finále. Willard sice všechny artefakty získal, ale za strašlivou cenu – jejich moc se obrací proti němu. Lara nečelí člověku, ale obrovské pavučí kreatuře. Je jasné, že nakonec zvítězí Lara. No a nezbývá jí, než ještě jednou použít vrtulník a vrátit se domů. Nedaleká průzkumná a vojenská stanice přece zas až tolik strojů nepotřebuje…
