Devátý (respektive ve třetí éře první) Tomb Raider sleduje příběh čerstvě promované, mladé a nezkušené dívky, která prahne po uznání a získání ohlasu coby potomek jednoho z nejvýznamnějších britských archeologů. Tou dívkou je dcera Roberta Crofta, jednadvacetiletá Lara Croft.
Příběh začíná tím, že se Lara Croft na palubě lodi The Endurance účastní expedice pod vedením uznávaného odborníka na archeologii, doktora Whitmana. Na základě Lařiny předchozí práce se expedice vydala pátrat po ztraceném království Yamatai na ostrově nedaleko Japonska. Výpravu financuje rodina Lařiny nejlepší přítelkyně Samanthy Nishimury, mladé a nadšené reportérky, která je také na palubě a zapojena do všeho o to víc, že její rodina o sobě tvrdí, že by měla být potomky legendární královny Himiko, která na ostrově kdysi vládla a jíž jsou připisovány mystické schopnosti vlády nad bouřemi a počasím.
Na základě průzkumů a předpokladů Lary loď zamíří do oblasti nazývané Dračí trojúhelník na západ od Japonska, ačkoli doktor Whitman je zásadně proti. Loď následně v prudké bouři ztroskotá a rozlomí se na dvě půlky. Lara je přitom oddělena od ostatních a ztrácí vědomí poté, co jí zezadu napadne podivný, evidentně šílený, muž.
K sobě přichází spoutaná hlavou dolů v podivné jeskyni. Podaří se jí nakonec uprchnout, jeskyně se však v důsledku jejích činností propadne a násilník je zabit. Lara se vynoří na pobřeží ostrova, kolem kterého nachází množství trosek a vraků. Podaří se jí najít stopy, které ukazují, že ostatní na ostrově přežili, a tak se vydává je dostihnout. Po cestě naráží na známky toho, že ostrov je jednoznačně obydlen – jsou to různé podivné řezby a oběti lidské i zvířecí. Nakonec se Laře podaří nalézt Sam ve společnosti cizího člověka. Jmenuje se Mathias a říká o sobě, že také ztroskotal na ostrově a povoláním je učitel. Zatímco Sam vypráví Mathiasovi legendy o ostrově a královně Himiko, Laru dohání vyčerpání a stres z dosavadních prožitků a nakonec ztrácí vědomí.
Když přichází k sobě, po Sam ani Mathiasovi není ani stopy, nachází jí však další hrstka členů posádky z The Endurance. Tak se Lara dozvídá, že ještě stále nejsou všichni. Chybí Roth. Skupinka se proto rozhodne rozdělit, a tak Lara s doktorem Whitmanem pokračují v hledání Rotha, zatímco ostatní (Reyesová, Jonah, Alex a Grim) se vydají po stopách Mathiase a Sam.
Při společném průzkumu ostrova naráží Lara s doktorem na stopy toho, že na ostrově je uctíván kult Himiko, což potvrzuje, že ztroskotali na ostrově Yamatai. Poté, co se jim podaří na ostrově nalézt chrám postavený ve jméně královny Himiko, jsou zajati skupinou násilných obyvatel ostrova a převezeni do jejich tábora, kde se opět setkají s ostatními přeživšími. Při pokusu o útěk je skupinka odhalena. Lara je odtržena od Whitmana. Pokusí se skrýt, ale je objevena jedním ze surovců a v souboji ho je nucena zabít. Po boji s ostatními o holý život unikne a podaří se jí dostat k Rothovi. Právě včas, aby ho zachránila od smrti z vlčího útoku.
Lara je Rothem pověřena, aby se dostala na vysílací věž na ostrově, kterou drží skupina obyvatel ostrova, a pokusila se přivolat pomoc. To se Laře nakonec také podaří, ale letadlo, které volání o pomoc zachytilo, je vtaženo nad ostrovem do další bouře a zřítí se. Nad ostrovem rezonují podivným hlasem v japonštině pronesená slova „nikdo neodejde…“
I přes veškerou snahu se Laře nepodaří zachránit piloty, kteří pád letadla přežili. Kontaktují ji Reyesová s Alexem. Podařilo se jim zjistit, že Sam byla unesena skupinou násilnických mužů z řad obyvatel, násilnického kultu známého jako Solarii. Lara se pokouší o záchranu Samanthy, ale je zadržena Mathiasem, ze kterého se vyklubal vůdce kultu, a který jí nařizuje zabít. Před jistou smrtí jí zachrání tajemný Oni, který zaútočí na ostrovany a Laře pomáhá uniknout. Vezme jí do starodávného kláštera, kde najde Sam. Od ní se dozvídá, že Mathias si jí vybral pro „Povznesení“, což je ohňový rituál, který má pomoci nalézt další Sluneční královnu, a pokud se nezdaří, Samantha při něm uhoří.
Lara skupinu sleduje do pevnosti kultu Solarii a tam nalezne Grima, který se pro ni obětuje, aby tak Lara mohla uniknout. S Rothovou pomocí se Lara dostane do pevnosti a stane se svědkyní začátku rituálu. Jakmile ohně začnou hořet, zvedne se vichřice, což je znamením, že Sam je vyvolena jako nová Sluneční královna. Lara znovu uniká a podaří se jí setkat s trosečníky a společně pracují na plánu, jak zachránit Samanthu a uniknout z ostrova.
Za pomoci Whitmana – kterému se podařilo sjednat větší svobodu pohybu po ostrově pro trosečníky – se Lara vrací do paláce, aby Sam zachránila, zatímco Roth navádí další záchrannou helikoptéru k ostrovu. Lara se záchranou Sam uspěje a snaží se jí přesvědčit, aby se vrátily na smluvené místo, když si všimne další formující se silné bouře ve chvíli, kdy je helikoptéra nad ostrovem. Zatímco Lara ve slovní přestřelce nutí pilota k přistání ve snaze zachránit zbytek trosečníků, helikoptéry se zmocní bouře a zřítí se, což Laru málem zabije. Život jí zachrání Roth, ale při její ochraně ho zasáhne střela, mířená na Laru Mathiasem. Roth umírá.
Zatímco je zdrcena Rothovou smrtí, si Lara uvědomuje, že bouře nemohou být přírodní, že jsou spojeny se Sluneční královnou a mají komukoli zabránit v opuštění ostrova.
Setkává se opět s ostatními trosečníky, kterým se dařilo vyhýbat okultistům ze Solarii tak dlouho, aby zajistili loď, kterou by se mohli dostat z ostrova, za předpokladu, že se jí podaří opravit.
Opět spojí síly s Whitmanem, který prohlašuje, že kultu unikl, ačkoli ho Lara začíná podezřívat, že ve skutečnosti s kultem spolupracuje. Lara s Alexem se vydávají k vraku The Endurance, kde doufají (a správně) najít ty části, ktteré poslouží k opravě lodi na únik z ostrova. Dostávají se do útoku Solarii a Alex způsobí explozi, která ho stojí život, aby se Lara dostala s částmi z vraku zpět.
Lara na pobřeží nalézá známky ze druhé světové války, kdy se japonská armáda i nacisté pokoušeli získat zdroj síly bouří obklopujících ostrov, aby jej mohli použít jako zbraň. Rozhodne se prozkoumat i hrobku, která je na pobřeží, a najde v ní ostatky samuraje, který spáchal rituální sebevraždu. V dopise, který zanechal, vysvětluje, že právě on vedl tajemné královniny Strážce bouří, Oni, kteří strážili klášter, a že královnina dědička si sama raději zvolila sebevraždu, než aby na sebe přejala moc královny Himiko, a tím jí samotnou uvěznila v jejím těle i po smrti. Královnin hněv se teď zjevuje v podobě bouří.
Lara si uvědomuje, že obřad Povznesení není obřadem, který by vyjevil novou Sluneční královnu, ale obřadem, který královninu duši přenese do nového těla, a že Mathiais chce Sam předhodit jako vhodnou hostitelku výměnou za jeho vlastní svobodu.
Lara se vrací k trosečníkům a tam zjišťuje, že se nemýlila; Whitman je zradil a unesl Samanthu, aby jí předal Mathiasovi. Lara, Reyesová a Jonah je začnou pronásledovat nahoru po řece směrem ke klášteru, kam Lara dorazí právě včas, aby se stala svědkem toho, jak Mathias podrazí Whitmana a ten je napaden dalšími Oni, kteří jej bez milosti zlikvidují.
Poté, co si probojuje cestu skrze okultisty ze Solarii i ostatní Strážce bouří, dostává se Lara na vrchol kláštera, kde Mathias provádí obřad Povznesení. Jakmile se k němu Lara dostane, po souboji jej za použití svých a jeho pistolí sestřeluje z hlavní plošiny. Podařilo se jí tak zastavit obřad, zachrání Sam a zničí královniny ostatky.
Tím je moc bouří zlomena, Lara, Sam, Jonah a Reyesová odplouvají z ostrova a na moři je zachraňuje nákladní loď. Laře při plavbě náhle dochází, že všechny ty příběhy, které jí kdy vyprávěl otec, jsou mnohem více než pouhé mýty, a náhle se rozhodne, že se hned tak domů ještě nevrátí…