Podle slov autorů bylo původním záměrem, aby se levely z Atlantis hrály v datadisku jako první v pořadí a tak navázaly na dění po Tomb Raider 1; hráč měl mít pouze základní zbraně a žádné goodies nasbírané v předchozích úrovních. Proto doporučují hrát hru od těchto levelů pomocí cheatu na přeskočení úrovně.