V úvodu hry se ocitáme v hale kalkatského hotelu. Za Larou, která relaxuje v křesílku, přichází zrzavý Texasan Larson, se kterým se už zřejmě dobře zná. Tento maník ji má zkontaktovat s jistou Jacqueline Natlou, Američankou, pro kterou momentálně pracuje. Lara se pomocí webkamery seznamuje s hezky upravenou a očividně zazobanou čtyřicetiletou dámou. Doslechla se o Lařiných schopnostech (Lara je i na obalu časopisu Adventurer, který hlásá do světa, že právě sejmula Bigfoota, což je něco jako Yettiho brácha) a slibuje jí tučnou odměnu, pokud najde a přinese jistý starodávný předmět, Scion, ukrytý kdesi v Peru. Lara odmítne peníze, ale výzvu přijímá.
Hned na začátku se vyskytnou komplikace – její domorodý průvodce nešťastně umírá při útoku smečky vlků. Lara se však nevzdává a vydává se na cestu sama. Překoná všechny nástrahy, projde jeskyněmi plnými vlků, medvědů, netopýrů a jiné havěti, ztraceným údolím, které připomíná Jurský park, a nakonec objevuje hrobku panovníka jménem Qualopec, který žil před mnoha a mnoha lety, a v hrobce kromě jeho kostry nachází i vytoužený Scion.
Sotva se Lara dostane z hrobky ven, vstoupí jí do cesty Larson a začne po ní střílet. Lara ho pořádně zřídí a Larson jí následně v přestávkách mezi nadávkami vyzradí, že ho Natla poslala Scion Laře vzít a přinést, že je to jenom jedna část Scionu a že pro jeho zbytek Natla poslala svého dalšího muže, Pierra DuPonta. Lara, jen co se zbaví proradného Larsona, vyráží do Ameriky. Vnikne do Natliny kanceláře a objeví knihu, která líčí pokušení Řeckého mnicha, pod jehož klášterem je hrob Tihocana, jednoho ze tří vládců bájné Atlantidy. Na témže místě leží i jeho díl Atlantského Scionu, mocného artefaktu.
Vzhůru do Řecka. Lara se probojuje až k Tihocanovu hrobu, zabíjí Pierra, jehož kulkám musela neustále uhýbat, a získává Scion. Z nápisů na stěnách se dozvídá, že lid Tihocana velmi miloval, že po sobě nezanechal žádné potomstvo, a co je nejdůležitější, že vláda Tihocana a jeho dvou společníků nějak souvisela se zánikem Atlantidy.
Další informace nám poskytne Lařina vize, když spojí oba kusy Scionu dohromady. Spatřuje tři Atlantské panovníky a velkou pyramidu, dominantu Atlantidy. Každý vládce má svůj díl Scionu a když je spojí dohromady, pyramida uvolní velké množství energie a mohou se dít velké věci ku prospěchu atlantského lidu. Jak se zdá, jeden z vládců toho však zneužil a s pomocí Scionu a pyramidy začal tvořit odporné mutanty, které nakonec poslal na své druhy. Vyvázli však živí a po zásluze svého zrádce potrestali. Atlantidu však už čekala jenom zkáza. Poslední díl Scionu skončil v Egyptě – a Lara už ví, kam pojede tentokrát…
Jen co se jí povede objevit poslední díl Scionu, je přepadena Natlinou bandou. Natla se jí vysměje do očí a její gorily Laře seberou jak pistole, tak drahocenný artefakt. Naštěstí se jí podaří vyváznout se zdravou kůží. Tajně se vkrade do Natlina motorového člunu, dobře se tam vyspí a ráno se ocitá v Atlantidě. Její kroky ji neomylně zavedou do Velké pyramidy, jejíž vnitřní část připomíná obrovské tělesné ústrojí. Všechno je tam horké a tepající a ze všech stran se na Laru valí mutanti. Natla se Scionem neztrácela čas.
Když už je Scion na dosah ruky, Lara má další vizi. Ocitá se v době před stovkami let, kdy Atlantští vládcové, Qualopec a Tihocan, značně pochroumaní po jejím podlém útoku, uvrhli Natlu do jakéhosi zvláštního vězení. Je zázrak, že se jí nakonec podařilo uniknout (stalo se tak při výbuchu v New Mexicu).
Sotva se Lara vzpamatuje, stojí u ní Natla. Ta je svou líhní na mutanty doslova unešená a neustále Laru přesvědčuje o důležitosti svého činu. Jejím cílem je vytvořit „přirozené predátory“ pro člověka a tím lidstvo vlastně posílit. Její největší chloubou je ohromné vejce zavěšené ve vzduchu, ze kterého se má každou chvíli vylíhnout něco příšerného. Lara se rozhodne pro radikální krok a namíří na vejce pistoli. Natla po Laře skočí, ale kdo jinému jámu kopá, sám do ní padá – a Natla padne přímo do propasti plné žhavé lávy. Lara se vypořádá s čerstvě vylíhlým mutantem, projde pyramidou, ještě jednou skolí Natlu, která se transformovala v Batmanku a nakonec sebere Scion a s explodující pyramidou za zády ujíždí k domovu.
