1945, Mexiko
V malém městečku Los Alamos v Mexiku narušil celkem poklidný den mohutný jaderný výbuch, který srovnal všechno živé se zemí. Z hlubin kráteru vyletělo obludné cosi a ztratilo se v mracích. Psal se rok 1945.
1996, Kalkata, Indie
V poklidném hotelu v Kalkatě seděla na křesle mladá žena, začtená do deníku, který neustále nosila sebou. Její idylku narušil blonďatý muž, který jí oznámil, že s ní chce někdo hovořit, a postavil na stolek před ní telekomunikační obrazovku. Ta žena, která s Larou chtěla hovořit, byla známá podnikatelka Jacqueline Natla, která Laru zkontaktovala proto, že jí imponovala Lařina odolnost a proslulost v neúnavném pátrání po tajemstvích lidské civilizace. Rozhodla se Laru zkontaktovat a najmout jí, aby pro ní našla část Potomka, údajně pocházejícího z bájné Atlantis. Ačkoli se zdá, že v prvních okamžicích Lara odmítne, jakmile je jí odhalen objekt pátrání, nadšeně přijímá. I se svým otcem léta po tomto artefaktu pátrali, neboť se říká, že Potomek v sobě ukrývá všechnu moc a moudrost atlantské civilizace, a Lařin otec v něm chtěl najít odpovědi na dávné zmizení jeho ženy.
Konečně tedy, po mnoha letech, Lara stanula v jeskyních v Peru, před městem Vilcabamba, kde se má nacházet první z kusů hledaného potomka. Po propátrání jeskynního komplexu, zbytků města a po průchodu údolím, kde záhadně přežilo několik prehistorických ještěrů, se Lara konečně dostává k cíli cesty a nachází hrobku, v níž odpočívá Qualopec, kdysi jeden z mocných vládců Atlantidy a Strážce Potomka, který poté, co byla Atlantis zničena a z nejasných příčin rozvrácena, vládl zdejšímu lidu. Jakmile se však Lara Potomka dotkne, spustí reakci, která hrozí zničením celé hrobky, a tak se dá na poslední chvíli na útěk.
Na povrchu zemském, po útěku z hroutící se hrobky, Lara narazí na onoho muže, který jí oznámil Natliin úkol – Larsona – a zjistí tak, že jí celou dobu sledoval. Natla si byla dobře vědoma toho, co Potomek pro Laru znamená, a chtěla tak zajistit, aby jej našla a Larson jej pak měl odevzdat. Po menší potyčce Larson Laře prozrazuje, že zatímco ona plnila úkol v Peru, jiný archeolog francouzského původu – Pierre duPont – se vydal pátrat po dalším z kusů Potomka. Lara se rozhodne, že se podívá na kloub tomu, proč Natle o Potomka tolik jde a vydá se do sídla její firmy.
Tam nalezne vzkazy od obou – Larsena i Pierra, který mezitím lokalizoval druhou část artefaktu – jak si Lara uvědomí, na místě, kde jej průzkumy správně situoval její otec – do Letohrádku sv. Františka v Řecku. Její otec zjistil, že na tomto místě by se v podzemí měla nacházet hrobka druhého ze tří vládců Atlantidy a vlastníka a Strážce druhé části Potomka – Tihocana.
Opět následuje mnoho útrap a pastí, které nadto ztěžuje pronásledovatel Pierre, který chce Laru za každou cenu zastavit. Nepodaří se mu to však a Lara se přes Midasův palác a amfiteátr zapomenutý v Řecku dostává do komplexu, který kdysi sloužil jako vodárna a ze kterého jedině se lze dostat ke vstupu do Tihocanovy hrobky. Tam Lara nakonec objeví i kýženou část Potomka. Shodou okolností stráženou dvěma sochami kentaurů, které sice Sierra efektně odstraní z cesty, ale málem zcuchají fazónu i Laře. Naštěstí je Lara velmi šikovná.
Poté, co Lara spojí obě získané části Potomka, ve vizi zjistí, že kus artefaktu, který zbývá najít, byl ukryt v Egyptě, takže neváhá a vydává se tam.
Místem, kde by se měl Potomek nacházet, je město a obelisk Khamoon. Laru čeká několik průchodů místy egyptské starověké civilizace, musí se bránit před poměrně dost nepřátelsky naladěnými zvířecími ochránci i před oživlými mumiemi egyptských kněží těchto chrámů. Doputuje nakonec až do místa, na kterém se tyčí Khamoonův obelisk a získá i poslední kus Potomka. Úkol jejího otce z dávných společných cest je u konce. Lara konečně po tisíciletích složí Potomka v jeden celek a dostane se jeho prostřednictvím do vize z dějin Atlantidy; tak se stane svědkyní události, která rozvrátila mocnou říši a vedla k jejímu zániku. Je svědkem odsouzení provinilé třetí vládkyně Atlantidy, která se svými bratry Atlantidě vládla, ale Potomka chtěla zneužít, vytvořit s ní novou, hybridní rasu a nastolit něco, co sama nazvala Sedmým věkem. Za toto šílenství jí byla její moc odebrána, ona sama byla odsouzena k trestu věčného spánku a její část Potomka měla zůstat navždy skryta. Jak Lara zjistila poté, co zrádkyně zvedla oči, královna se znovu vrátila na Zemi. Tou královnou je sama Jacqueline Natla. Jaderný výbuch, který nastal při Projektu Manhattan v Mexiku v roce 1945, Natlu osvobodil z její věčné pasti a ona strávila roky budováním nové image, aby se nakonec pokusila dostat ke svému původnímu cíli.
Zatímco Lara prožívala tuto vizi něčeho, co historie raději zamlčela, u východu z egyptdké hrobky je obklíčena Natlou, Larsonem a dvěma dalšími jejími kumpány. Lara je odzbrojena, a protože si Natla dobře uvědomuje, jak hluboko do jejich záměrů nyní prohlédla, nařizuje jí zabít, jakmile jí sebere Potomka z rukou. Lara se však zachrání skokem do útesu. Vidí však, že Natla se na lodi vydává na cestu a tak neváhá, vyšvihne se na vlastní motocykl, kterým do Egypta dorazila, a dává se naa šílenou jízdu za Natlou. Povede se jí proniknout až do lodi nepozorovaně a dostává se tak na ostrov uprostřed moře, na kterém má Natliina firma své opuštěné doly.
Tam pokračuje v pronásledování a vzápětí zjistí, že ve skutečnosti je ostrov pozůstatkem Atlantidy a hora na ostrově skrývá dávné centrum moci ostrova – zlatou pyramidu. Do cesty za Natlou se Laře postaví Larson, kterého Lara musí i přes svou vlastní lítost odstranit z cesty, stejně tak jako další dva členy Natliiny bandy – Kida a Kolda. Ti se nakonec zlikvidují navzájem, zatímco Lara pokračuje za Natlou až na vrchol pyramidy.
Z toho, že se Lara průběžně musí zbavovat hybridních potvor i ze všeho dění kolem je nyní již jasné, že Natlu nezastaví před uskutečněním jejího plánu nic. Lara se dokonce setkává se svým vlastním mutantím odrazem. Nakonec tedy na samém vrcholku pypramidy, na vrcholu, kde sídlila kdysi dávná moc Atlantidy, se Lara setká s Natlou tváří v tvář. Ta se ještě pokouší nabídnout Laře moc a sílu Potomka v novém řádu, který by spolu mohly vytvořit. Lara si však je nyní vědoma toho, že taková moc, byť lákavá, je zhoubná, a pochopí zároveň, že práce jejího otce, kterou doufal ukončit právě díky Potomkovi, by nevedla nikam. Potomka zničí.
Natla, pološílená zlostí, na Laru zaútočí a zatímco ona sama se zřítí do lávy na dně pyramidy, Lara se zachrání za pomoci háku. Čeká jí cesta ven z pyramidy, kterou lemují Natlou vytvořené stvůry včetně jakéhosi mateřského torza. Nakonec se Lara dostane až téměř k východu. Tam jí však znovu napadne Natla, která je bohyní a tak nemůže doopravdy zemřít. Je sice velmi vážně zraněná, o to více však nebezpečnější. Lara i tak nachází způsob, jak uniknout, uvězní Natlu a na její vlastní lodi se na poslední chvíli zachrání před smrtícím výbuchem, který zničí vše, co z ostrova zbylo.